| Abstract | Stvaranje životinja sa visokim proizvodnim svojstvima (primjerice: proizvodnje mlijeka, povećanja muskulature, otpornosti, kondicije i sl.), dovelo je do gubitka raznolikosti domaćih životinja. Nekoliko je razloga zbog kojih gubitak nastaje, za neke razloge je čovjek direktno odgovoran, dok za neke nije. Zbog intenzivnog uzgoja suvremenih pasmina, smanjuje se broj lokalnih pasmina, te zbog smanjenja broja jedinki u populacijama lokalnih pasmina dolazi do pojave inbridinga, smanjenja efektivne veličine populacije kao i drugih indikatora gubitka raznolikosti. Populacije domaćih životinja selekcijom se kontinuirano poboljšavaju u smislu učinka i produktivnosti te se kao rezultat ovih procesa pojavljuju tragovi u genomu koji se nazivaju selekcijske oznake. Tragovi selekcije su proizašle kao rezultat selekcije, mutacija ili genetskog drifta. Selekcijske oznake mogu biti jake ili slabe, cjelovite ili djelomične, ovisno o podrijetlu, vrsti i učestalosti mutacije. Također oznake mogu biti i potpune, gdje dolazi do potpune fiksacije favoriziranog alela ili mogu biti djelomični gdje favorizirani aleli i dalje segregiraju zajedno s neutralnim mjestima u populaciji. Postoji veliki spektar metoda za otkrivanje tragova selekcija, od otkrića SNP markera koriste se metode razvijene za otkrivanje tragova pomoću DNK sekvenci ili SNP geonotipova u populacijama domaćih životinja. Te metode se mogu klasificirati u dvije skupine: (1.) statistike unutar populacije i (2.) statistike između populacija. Statistika unutar populacije uključuje tri metode koje se temelje na spektru frekvencije lokusa, LD-u i smanjenoj varijabilnosti, a statistika između populacija koristi metode koje se mogu grupirati u različitost na jednom lokusu ili na haplotipovima. Budući da se domaće životinje uzgajaju za specifične namjene, primjena selekcijskih oznaka utvrđenih sa suvremenim genomskim alatima mogu značajno doprinjeti u razvoju konzervacijskih programa različitih populacija domaćih životinja. |
| Abstract (english) | The creation of animals with high production properties (for example: milk production, increase in musculature, resistance, fitness, etc.) has led to the loss of the diversity of domestic animals. There are several reasons for which the loss occurs, for some reasons the person is directly responsible, while for others he is not. Due to the intensive cultivation of modern breeds, the number of local breeds is decreasing, and due to the decrease in the number of individuals in the populations of local breeds, inbreeding occurs, the effective size of the population decreases, as well as other indicators of loss of diversity. Populations of domestic animals are continuously improved in terms of performance and productivity through selection, and as a result of these processes, signature appear in the genome called selection sweeps. Selection signatures arose as a result of selection, mutation or genetic drift. Selection sweeps can be strong or weak, complete or partial, depending on the origin, type and frequency of the mutation. Sweeps can also be complete, where there is a complete fixation of the favored allele, or they can be partial, where the favored alleles continue to segregate together with neutral sites in the population. There is a wide range of methods for detecting selection signatures, since the discovery of SNP markers, developed methods have been used to detect signatures using DNA sequences or SNP geotypes in domestic animal populations. These methods can be classified into two groups: (1.) statistics within a population and (2.) statistics between populations. Within-population statistics include three methods based on locus frequency spectrum, LD, and reduced variability, and between-population statistics use methods that can be grouped into diversity at a single locus or at haplotypes. Since domestic animals are bred for specific purposes, the application of selection signatures established with modern genomic tools can significantly contribute to the development of conservation programs for different populations of domestic animals. |
