U istraživanju je korišteno 18 parova mikrosatelitnih početnica, kako bi se utvrdila genetska struktura i povezanost unutar populacije crne slavonske svinja te između populacija turopoljske svinje, mangulice i divlje svinje. Drugi cilj ovog istraživanja bio je utvrditi filogenetski status istraživanih populacija te njihovu filogenetsku povezanost s nekim europskim i azijskim svinjama pomoću polimorfizma u D-loop sekvenci mitohondrijske DNA. Treći cilj bio je utvrditi MC1R genotip kod crne slavonske svinje i pronaći učinkovitu i jednostavnu PCR-RFLP metodu, koja se temelji na razlikama u MC1R genotipu, a pomoću koje će se moći izdvojiti čista crna slavonska svinja od križanaca s komercijalnim pasminama svinja te od divlje svinje. Za mikrosatelitnu analizu svaka životinja genotipizirana je s 18 mikrosatelitnih markera, odabranih na temelju njihove kvalitete, veličine, polimorfizma i lokacije u genomu svinje, kako je preporučeno od FAO-a. Za umnožavanje kontrolne regije mtDNA u dužini od 511 bp, između pozicije 15.390 i 15.900, korištene su početnice Mit1.F i Mit1.R, a za umnožavanje kontrolne regije mtDNA u dužini od 810 bp, između pozicije 15.825 i 16.634, korištene su početnice Mit2.F i Mit2.R. Za umnožavanje exona MC1R gena korištena su dva para početnica. Prvi par početnica, MERL1 i EPIG2, korišten je za umnožavanje 428 bp dugoga fragmenta 5´ kraja eksona, dok su EPIG1 i EPIG3 početnice korištene za umnožavanje 405 bp dugoga produkta s 3´ kraja eksona. Dobiveni rezultati pokazuju da je set od 18 mikrosatelitnih markera korištenih u istraživanju vrlo koristan alat za utvrđivanje genetske različitosti unutar crne slavonske svinje, kao i za identifikaciju pojedinih životinja te genetske studije, u svrhu selekcije i očuvanja crne slavonske, turopoljske svinje i mangulice. Genetska udaljenost utvrđena metodom analize glavnih komponenti (PCA) ukazuje da su ispitivane pasmine u najvećoj mjeri genetski jasno definirane. Analiza mtDNA pokazala je da crna slavonska svinja i turopoljska svinja pokazuju jasnu genetsku distanciranost od drugih europskih i nekih azijskih svinja, jer se na dendogramu grupiraju u bliske skupine. Prisutnost mangulice u klasteru objašnjava se činjenicom da je ona sudjelovala u nastanku crne slavonske svinje. Također, ovim smo radom uspjeli utvrditi jednostavnu PCR-RFLP metodu, temeljenu na različitim MC1R genotipovima za boju dlake, pomoću koje je moguće detektirati čistu crnu slavonsku svinju i potencijalne križance između nje i komercijalnih pasmina svinja te divlje svinje.